Sono piante perenni a portamento cespuglioso che si sviluppano tra i 30 ed i 60 cm di altezza, provviste di un breve rizoma, con fusto legnoso alla base, molto ramificato e lievemente pubescente. Le foglie, prive di picciolo, sono molto profumate e provviste di una leggera peluria, lanceolate ed opposte, lunghe fino a 3 cm e con le nervature in rilievo.
I fiori sono tubolari, tipici del genere, bilabiati alle estremità della corolla, raccolti in spighe molto dense che si sviluppano all’ascella delle foglie superiori. Sono di colore azzurro – violetto e sbocciano da luglio a settembre. Anche se per lo più si trova la varietà a fiori azzurro-violetto, esistono anche varietà a fiori bianchi (Hyssopus officinalis varietà albus) e a fiori rosa (Hyssopus officinalis varietà roseus).
Il frutto è composto da quattro acheni che racchiudono al loro interno un solo seme. Tutte le parti aeree della pianta hanno un forte profumo aromatico ed un sapore pungente.